Ты их удалила из самого Google Photos или из галереи на телефоне?
Вот в чём суть - в других ответах правильное направление, но им не хватает одного важного различия. Когда ты удаляешь фото в приложении Google Photos, оно удаляется только из твоей библиотеки Google Photos. На самом деле в галерее или камере на телефоне остаётся исходный файл. Автосинхронизация не интересуется тем, что ты удалила в Google Photos; она просто сканирует хранилище устройства и говорит "эй, это фото есть на телефоне, нужно его синхронизировать". Вот она и загружает заново всё, что находит, даже то, что ты, как думала, удалила.
Решение - удалять и с собственного хранилища телефона тоже, а не только из Google Photos. Зайди в стандартную галерею или приложение камеры на телефоне и удали фото там. Как только они исчезнут с самого устройства, автосинхронизация их не найдёт и всё действительно будет в порядке. Также проверь, нет ли в одном из этих приложений папки вроде "Недавно удалённые" или корзины, где могут ещё храниться эти фото; на некоторых телефонах удалённые файлы там лежат дней 30, а потом удаляются окончательно.
Если хочешь подстраховаться на будущее, можешь временно отключить автосинхронизацию, пока наводишь порядок, удалить всё, что нужно, из обоих мест, а потом снова включить синхронизацию. Так не будет путаницы с тем, что синхронизируется где.