¿Qué versión de Windows tienes? De todas formas, la forma más sencilla es abrir el Administrador de tareas (Ctrl+Mayús+Esc), ir a la pestaña «Inicio» y simplemente desactivar los programas que no necesites que se carguen al iniciar el sistema. No pasará nada malo, las aplicaciones seguirán ahí, simplemente no se cargarán con Windows.
Si la pestaña «Inicio» no aparece, significa que tienes una versión antigua de Windows. En ese caso puedes ir a través de la configuración del sistema o directamente a la carpeta Inicio. Pero en las versiones modernas, hacerlo a través del Administrador de tareas te lleva solo medio minuto.