¿Las manchitas se ven solo en objetos de un tono uniforme (cielo, pared) o arruinan casi cada foto? Es importante porque si se notan solo en condiciones específicas, es más fácil corregirlas con software en la postproducción.
Si de todos modos decides limpiarla tú misma, sí, los kits especiales funcionan, pero el riesgo es bastante alto. La diferencia está en que necesitas ser lo más cuidadosa posible y verificar de antemano que la suciedad está realmente en la matriz y no en el espejo o el cristal protector que está frente a ella (lo compruebas con las fotos tomadas en modo live view, cuando el espejo está levantado). Una pera de aire es el paso más seguro, un cepillo ya es más arriesgado. Personalmente, en tu caso yo pensaría en serio en una limpieza profesional, porque hasta el más mínimo toque a la matriz hecho incorrectamente puede dañarla y luego pueden salir artefactos en las imágenes.