La incomodidad que sientes es más que legítima, especialmente si trabajas en un espacio compartido donde escuchas el audio o donde te interrumpe el flujo de concentración. Los audios largos son molestos exactamente por el motivo que dicen otros: no puedes leerlos a tu ritmo, te obligan a escuchar y ya. Si además una colega te manda uno de tres minutos sabiendo que estás trabajando, no es negligencia, es falta de consideración.
Dicho esto, antes de confrontarla directamente deberías entender si es consciente de que te molesta. Quizás ella piensa que es más rápido grabar que escribir, sin darse cuenta del impacto en quien recibe. Si sientes que la relación lo permite, podrías intentar decirle algo como "ah, con los audios largos me pierdo un poco, me gustaría más los mensajes escritos cuando me escribes durante el trabajo" - así le das tu feedback sin sonar acusadora.
Si en cambio es algo recurrente y hablarle directamente no es posible, la solución más simple es silenciar las notificaciones de WhatsApp durante las horas de máxima concentración, al menos mientras no veas el mensaje después.