¿Los eliminaste de Google Photos en sí, o de la galería de fotos de tu teléfono?
Bueno, aquí está el asunto: las otras respuestas van por buen camino, pero se pierden un detalle importante. Cuando eliminas una foto en la app de Google Photos, solo la quitas de tu biblioteca de Google Photos. La galería de fotos actual de tu teléfono o la app de galería sigue teniendo el archivo original ahí. La sincronización automática no le importa lo que hayas eliminado en Google Photos; simplemente escanea el almacenamiento de tu dispositivo y dice "hey, esta foto existe en el teléfono, mejor sincronizarla." Así que vuelve a cargar todo lo que encuentra, incluso las cosas que creías que ya habías eliminado.
La solución es eliminar también del almacenamiento nativo de tu teléfono, no solo de Google Photos. Entra a la galería predeterminada de tu teléfono o a la app de cámara y elimínalas de ahí. Una vez que desaparezcan del dispositivo, la sincronización automática ya no las encontrará y habrás terminado de verdad. También podrías revisar si hay una carpeta como "Eliminados recientemente" o una papelera en cualquiera de las dos apps que todavía esté guardando estas fotos; algunos teléfonos mantienen los elementos eliminados ahí durante unos 30 días más o menos antes de eliminarlos permanentemente.
Si quieres ser extra cuidadosa de ahora en adelante, podrías desactivar temporalmente la sincronización automática mientras limpias, eliminar todo lo que quieras que desaparezca de ambos lugares, y luego volver a activar la sincronización. De esa forma no hay confusión sobre qué se está sincronizando dónde.