Probablemente no es Windows Defender siendo demasiado agresivo por su cuenta, sino que tienes una combinación de cosas sucediendo. Windows Defender actualiza sus definiciones de amenazas frecuentemente, y a veces instaladores antiguos o archivos con ciertas firmas pueden desencadenar falsos positivos, especialmente si no han sido actualizados en un tiempo por el editor. Dicho esto, hay algunos ajustes que vale la pena verificar antes de asumir que simplemente está siendo molesto.
Primero, asegúrate de que no estés ejecutando múltiples programas antivirus a la vez - ese es un culpable común para el aislamiento constante y conflictos. Revisa tus programas instalados para ver si algo más está escaneando en segundo plano. También puedes intentar agregar esos archivos o carpetas específicos a la lista de exclusiones de Windows Defender. Ve a Configuración > Privacidad y seguridad > Protección contra virus y amenazas > Administrar configuración, y busca "Agregar o quitar exclusiones." Solo ten cuidado aquí - solo excluye cosas de las que estés 100% segura, ya que las exclusiones evitan todo escaneo. Si un instalador en el que confías sigue siendo marcado, agregar su carpeta a la lista de exclusiones es razonable.
Otra cosa que ayuda: asegúrate de que Windows y tu software estén ambos actualizados. A veces los editores lanzan versiones parcheadas de instaladores que ya no desencadenan falsos positivos, así que verificar versiones más nuevas de cualquier software que esté siendo aislado podría resolverlo permanentemente. Si está sucediendo con múltiples archivos aleatorios y ninguno de estos pasos ayuda, también podrías intentar desactivar temporalmente la protección en tiempo real mientras instalas algo, y luego activarla nuevamente - pero nuevamente, solo haz esto si realmente confías en la fuente.