La situación que describís es bastante riesgosa y no está bien cubierta legalmente. Si tu contrato dice "presencial" pero estás trabajando remoto, hay un desfase entre lo que el papel dice y la realidad, y eso te deja vulnerable. Si algo sale mal después - un accidente laboral en tu casa, un despido, un conflicto sobre horarios o responsabilidades - la empresa puede usar ese contrato antiguo en su favor y vos quedás sin documentación que respalde cómo realmente estás trabajando.
Lo que deberías hacer es pedir por escrito (email, mensaje, lo que sea pero que quede registro) que actualicen tu contrato para reflejar el trabajo remoto. No es capricho tuyo, es protección mutua. Especificá los términos: si es 100% remoto o híbrido, qué horario, dónde guardás documentos de la empresa, cómo se maneja la confidencialidad en tu casa, todo eso. Si la empresa se niega o lo deja pasar, al menos tenés ese email donde pediste formalizar las cosas - eso te protege.
Algunos decís que ya pasaron por esto y terminaron mal, y es porque dejaron que pasara el tiempo sin documento. No esperes, no dejes que "se acostumbren" a que trabajes remoto sin actualizar nada. Cuanto más tiempo pase así, más complicado se vuelve después argumentar cuál fue el arreglo real. Movete ahora mientras todo está funcionando bien, es mucho más fácil que negociar cuando ya hay un problema.