Una memoria USB física sigue siendo una herramienta bastante funcional si la usas correctamente :) Un virus no se le pega así de la nada - necesitas conectar una fuente infectada u obtener la memoria de alguien que ya la haya infectado. Si transmites archivos entre tus propios dispositivos o a personas de confianza, el riesgo es mínimo. Pasar un antivirus antes de usarla es un simple respaldo que te tomará un par de minutos.
Pero hay un detalle que la gente suele pasar por alto: una memoria USB se pierde fácilmente o te la pueden robar, y puede tener datos confidenciales. La nube es más segura en ese sentido - incluso si hackean la cuenta, todos los archivos descargados se quedan en la red y los puedes recuperar. Perdiste la memoria - y listo, los datos pueden caer en manos ajenas sin forma de recuperarlos.
Así que la elección depende de la situación: ¿tienes prisa de pasar un archivo a alguien que está cerca? La memoria USB es más práctica. ¿Necesitas confiabilidad y la opción de recuperar datos? La nube es definitivamente mejor. Muchos simplemente combinan ambas formas según las circunstancias :)