Il classico è che la gente disinstalla driver a caso o reinstalla Windows prima ancora di controllare le basi - non ti serve a niente se il vero problema sta da un'altra parte. Le altre risposte hanno già sollevato alcuni punti interessanti, ma io suggerirei di provare un'altra direzione.
Dai un'occhiata al Visualizzatore eventi e vedi cosa succede nel momento degli stalli. Premi Win+R, digita `eventvwr.msc` e controlla gli "Eventi di sistema" - lì trovi spesso errori di driver o servizi che l'Task Manager nemmeno mostra. Particolarmente interessanti sono gli errori di `nvlddmkm` (driver NVIDIA) o simili. Nel frattempo puoi aprire anche il Monitor risorse (che un'altra risposta ha già menzionato) e andare direttamente su "Disco" - a volte lì si nascondono piccoli picchi di I/O che bloccano tutto temporaneamente, senza che appaia come carico alto di CPU o RAM.
Se lì non trovi nulla, io proverei a sperimentare con Windows Search, come già detto - può davvero causare questi stalli subdoli. Disabilitalo per una settimana di prova e guarda se migliora. Se aiuta, hai trovato il tuo problema. Se no, il passo successivo è piuttosto un aggiornamento dei driver (soprattutto chipset, audio e grafica) o eventualmente una reinstallazione pulita di Windows - ma solo dopo il debugging.