Pela lei, educação física é obrigatória, mas aqui você precisa entender a razão real, porque "vergonha dos colegas" é frequentemente só a ponta do iceberg. Pode ser que ela se sinta desconfortável em trocar de roupa, tenha vergonha do próprio corpo, medo de ficar para trás nas habilidades físicas ou tenha passado por algo específico que a assustou. A solução depende da resposta.
Se é realmente desconforto psicológico sem razões médicas - o médico não vai dar atestado e a escola tem direito de exigir a presença. Mas converse com sua filha com mais detalhes e com o professor de educação física. Às vezes ajuda mudar de turma, usar um vestiário separado ou combinar com o professor uma versão mais leve das aulas. Algumas escolas fazem concessões se o pai ou a mãe fizer um requerimento pedindo adaptação - não uma isenção, mas um atendimento individualizado.
Agora, se há um problema real - digamos, ela distendeu um músculo recentemente, tem uma doença de pele ou um bloqueio psicológico sério - aí sim o médico pode dar um atestado com restrições por um tempo. Mas isso não é "não ir", é "ir, mas não pular" ou "apenas observar por algumas semanas". O importante é não ignorar o problema, mas procurar uma solução junto com ela e com a escola.