Duas semanas já é um sinal de alerta, especialmente porque teu animal está se coçando no pescoço e orelhas - esses são os lugares típicos de parasitas. Mas como a resposta anterior já diz: pode ser outra coisa também. Pele seca no outono/inverno é frequente, estresse por mudança ou poluição sonora também. Alguns chinchinillas também reagem com sensibilidade à cama, se houver condições muito úmidas ou o material não for ideal. O pelo te parece ainda normal, o que é um bom sinal - com ácaros, normalmente ficaria fino ou despenteado logo.
O ponto é: no veterinário você fica sabendo. A maioria dos veterinários faz um esfregaço ou olha com a lupa, e aí você sabe exatamente o que está acontecendo. Não é um grande esforço e não custa muito. Se forem realmente ácaros, você vai precisar do tratamento correto - e tem que ser dosificado e cronometrado, senão piora mesmo. Se for só pele seca, aí você consegue agir de forma direcionada: mais umidade do ar, outra cama, talvez oferecer banhos de areia com mais frequência. Então: é só marcar uma consulta, sem ficar dois, três semanas esperando e torcendo.