Você usa chuteiras com bom suporte ou qualquer tênis de esporte que tenha em casa?
O que os outros comentam sobre o fortalecimento está correto, mas tem algo que muita gente deixa passar: o joelho sofre muito se você não tem estabilidade no tornozelo e no pé. Já vi gente que treina as pernas mas descuida do trabalho de propriocepção, e aí em um jogo qualquer movimento lateral ou mudança de direção dispara a dor. Além disso, dois jogos por semana sem recuperação decente no meio é bem exigente. Se você força bastante numa quarta, no sábado chega com microinflamação acumulada.
Tenta adicionar exercícios de equilíbrio (tipo ficar de pé em um só pé enquanto toca o chão com a outra perna, ou com os olhos fechados), trabalha os adutores e abdutores, e coloca algo de fortalecimento isométrico de quadríceps. O aquecimento está bom mas faz de forma dinâmica: não só alongue a frio, caminha, trota leve, faz rotações de quadril e alongamentos em movimento. E o mais importante: revisa que chuteiras você usa, porque umas ruins podem sabotar tudo o mais mesmo que tudo o mais esteja bem.