Eu uso microondas todo dia pra aquecer café, sobra de comida, essas coisas, e sempre achei interessante como aquilo funciona. A história é bem mais simples do que parece: o microondas gera ondas eletromagnéticas na frequência de cerca de 2,4 GHz. Essas ondas não "queimam" a comida como calor direto - na verdade, elas fazem as moléculas de água (e um pouco as de gordura e açúcar) vibrarem muito rapidamente. Quando uma molécula de água vibra assim, o atrito entre elas gera calor. É tipo esfregar as mãos pra esquentar no frio, mas acontecendo bilhões de vezes por segundo dentro da comida.
O que torna rápido é que o aquecimento não vem de fora pra dentro, como no forno convencional. As ondas penetram alguns centímetros no alimento e excitam as moléculas de água direto lá dentro. Por isso que um prato aquece junto (tem umidade), mas um plástico seco não esquenta tanto - falta molécula de água pra vibrar. E aí o mito de ser perigoso? Bom, as microondas são radiação não-ionizante, bem diferente de raios X ou radiação nuclear. Elas não transformam átomos em outras coisas. Enquanto o forno tiver a proteção da gaiola de metal na porta (que bloqueia as ondas), você toma zero de radiação.