Estrume fresco mesmo não é bom derramar direto nas camas - queima as raízes e libera muito amoníaco. Precisa apodrecer no mínimo alguns meses, e melhor ainda meia ano. Estrume de vaca é mais denso, demora mais pra se decompor, serve se você adubar do outono até a primavera. Estrume de cavalo é mais leve, mais solto, se prepara mais rápido e aquece o solo melhor - ótimo pra regiões frias. Ambas as opções são ok, a diferença não é crítica.
Quando aplicar - depende do que você tem à mão. Se o estrume já apodreceu e virou um composto marrom e granuloso, dá pra usar na primavera antes de plantar. Se for fresco ou semiapodrecido - melhor no outono, durante o inverno ele continua se decompondo e se assenta. Na primavera não convém usar fresco, as plantas vão começar a crescer e o estrume ainda vai estar se aquecendo e consumindo nitrogênio. Dá pra colocar também numa pilha de compostagem junto com grama, folhas, aparas - o processo anda mais rápido por causa do calor.
O principal - não seja ganancioso com a quantidade. Um par de baldes por metro quadrado uma vez por ano é ok. Se exagerar no estrume - vai ter muito mato daninho e legumes macios sem graça. Estrume já apodrecido dá pra aplicar mais frequentemente, fresco - com mais cuidado.