O problema está na própria formulação da pergunta - "um dos maiores mistérios" soa como clickbait, porque na realidade a Microsoft periodicamente explica suas decisões, só que nem sempre essas explicações chegam até os usuários comuns. Na maioria das vezes, trata-se de decisões de design ou arquiteturais que pareciam estranhas até você conhecer a história.
A versão mais comum é sobre a tela azul da morte (BSOD), que ficou por razões históricas, ou sobre compatibilidade com software antigo que deixa o sistema lento. Mas eis o que frequentemente se esquece: muitas vezes a "explicação" é apenas um compromisso de engenharia, não um grande mistério. A Microsoft sacrificava velocidade em favor de compatibilidade ou praticidade, e essa era uma estratégia deliberada, não um bug.
Sem saber a fonte exata da notícia, é difícil dizer exatamente do que se trata. Se você lembra qual era especificamente o assunto - conta aí, vamos discutir com mais detalhe. Porque realmente há muitos "mistérios" no Windows, e a explicação de um deles nem sempre é a revelação do ano.