Me deparei com algo parecido no aquário de um vizinho - os nitritos disparavam, apesar do filtro e das trocas de água. Descobri que o problema não era só um, mas uma combinação de vários fatores. Sim, superalimentação e plantas são importantes, mas tem mais um ponto que as pessoas costumam deixar passar: a colônia bacteriana dentro do próprio filtro pode estar instável. Se o filtro é novo ou foi limpado recentemente, os microrganismos que transformam amônia em nitrito e depois em nitrato ainda não se estabeleceram direito. Esses disparos acontecem justamente por isso - quando há poucas bactérias, elas não conseguem lidar com a carga.
Além disso, verifique se o filtro não está entupindo rápido demais. Se a sujeira se acumula com frequência, significa que realmente tem muita matéria orgânica, e o filtro simplesmente não dá conta. Mas o principal: duas semanas para estabilizar é pouco, as colônias de microrganismos levam uns um mês e meio para se estabelecer. Com trocas de 30% você tá fazendo bem, mas tenha certeza de que não tá superalimentando. Os peixes devem comer o alimento em 2-3 minutos, o resto vai para o lixo, não na água.
Nitratos acima de 40 tá tranquilo, desde que não chegue nos 80+. Eles se acumulam com o tempo e o único jeito de tirar é com trocas de água e plantas (se tiver espécies de rápido crescimento). Só continue fazendo testes semanais por mais um mês, verifique o regime de alimentação - muitas vezes é a primeira coisa que muda para melhor.