As raízes aéreas são completamente normais em Phalaenopsis e não é sinal de sofrimento! Sua orquídea está simplesmente fazendo o que faria na natureza, onde essas plantas vivem em árvores e desenvolvem raízes que se expõem ao ar. Se estão brotando por toda parte é até um bom sinal de que a umidade está decente e a planta está bem. Deixe-as onde estão, não servem para nada se você as forçar para dentro do vaso e de qualquer forma você só corre o risco de estressá-la e criar ferimentos nela.
O que você pode fazer é facilitar a função delas! As raízes aéreas absorvem umidade e oxigênio do ar, então se você borrifar a planta regularmente ou passar um pano úmido nelas de vez em quando, ela realmente as utiliza e crescem mais robustas. Um truque que muita gente não faz é envolver as raízes aéreas com esfagno úmido (tipo com um elástico em volta) por algumas semanas - a planta as usará para absorver água e nutrientes diretamente, e ficarão ainda mais fortes. Não é obrigatório hein, é mais para que ela fique ainda melhor!
A única situação em que vale a pena intervir é se o vaso é mesmo muito grande em relação à planta, porque aí não consegue secar bem e o risco de apodrecimento aumenta. Mas se o replantio é recente e a drenagem é boa, você pode ficar tranquila assim!