Tive o mesmo problema depois da atualização, e no começo também fiquei irritado. Mas depois entendi - aqui se misturaram duas coisas. Sim, o Google realmente endureceu as permissões na versão 15, é fato. Mas os pedidos constantes geralmente não acontecem porque o sistema esquece as permissões, mas porque os aplicativos as solicitam incorretamente ou simplesmente funcionam de forma estranha com a nova lógica de acesso.
O principal é não simplesmente dar permissões para todos indiscriminadamente, mas acompanhar quem especificamente as pede. Em diferentes casos coisas diferentes ajudaram: primeiro, verifiquei as atualizações na Play Store - aplicativos antigos podem ter problemas de compatibilidade com a nova versão do sistema, eles solicitam acesso incorretamente. Segundo, o que realmente funcionou - entrei em Configurações → Aplicativos → encontrei os que frequentemente vêm com pedidos e nas suas permissões defini o necessário uma vez no modo "Permitir sempre", se o aplicativo permitir. Alguns aplicativos precisam limpar o cache, aí eles param de pedir novamente.
Se mesmo depois de conceder as permissões o sistema continua incomodando com o mesmo aplicativo - tenta só deletar, limpar o cache do aplicativo do sistema "Aplicativos do sistema" e reinstalar. Normalmente depois disso para. Só aguarda um pouco depois de cada permissão - o sistema é meio lento para atualizar o status.