Não uses o formato de salvamento normal do app se queres conservar as camadas - isso vai fusionar tudo sem remédio. O que ninguém menciona é que tens que exportar para um formato de projeto antes de fechar, não simplesmente clicar em "salvar". No Express, quando fazes arquivo → exportar, procura a opção de salvar como PSD ou como projeto do app (costuma aparecer como "salvar cópia de segurança" ou similar conforme tua versão). Isso mantém as camadas intactas para a próxima sessão.
O problema é que o Express foi pensado para edição rápida no móvel, não para projetos complexos. Se salvares como imagem normal (JPEG, PNG), logicamente perde toda a informação de camadas porque esses formatos não as suportam. Mas se o app tiver opção de projeto nativo, usa-a sempre. De qualquer forma, se teu fluxo é sério e precisas de camadas estáveis, o app é bastante limitado - considera testar Krita ou Ibis Paint X no Android, que lidam melhor com os projetos multicamada.