O estilo vintage dos anos 2000 não é tanto um conjunto único de efeitos, mas sim uma combinação, e tudo depende da foto específica! Algumas pessoas naquela época fotografavam com Kodak com um brilho quente, outras com uma câmera compacta Sony com um tom azulado, então é melhor começar vendo qual imagem você se identifica.
O que realmente funciona: tom quente (adicione amarelo à temperatura), um leve desfoque nas bordas com vinheta, um pouco de grão - as respostas anteriores estão certas. Mas tem um detalhe que muita gente deixa passar: nos anos 2000 era popular um leve embaçamento, quase um desfoque em todo o quadro, e não só perda de contraste. No Snapseed ou Lightroom isso se faz diminuindo a nitidez (clarity) ou adicionando um desfoque gaussiano em uma camada separada com pouca opacidade - assim a foto fica como se tivesse sido levemente "respirada" durante a foto.
Mais um conselho: não complique demais! Muitas vezes as pessoas aplicam todos os efeitos de uma vez e fica uma bagunça. Comece simples: +calor, -contraste em 15-20%, um leve grão. Se não for suficiente, adicione vinheta ou desfoque. Procure exemplos na internet de 2005-2008 e copie a sensação, não os números nos controles deslizantes.