Para iniciantes, muitas vezes recomendam potência, mas na prática o que importa mesmo é a maneabilidade e o peso. Tanto a Yamaha quanto a Kawasaki da sua lista entendem isso direito: as duas motos são leves (uns 170 kg) e acessíveis no preço, então se você cair, não quebra na hora de comprar peças.
Mas tem uma coisa que muita gente esquece de mencionar: a posição de pilotagem nessas motos é completamente diferente, e isso muda tudo. A R3 é um esportiva de verdade, tem aquele inclinado agressivo para frente, os pés bem encolhidos. Para uns é normal, para outros fica desconfortável em viagens compridas e na hora de estacionar - os pés ficam longe do chão. A Ninja 400 mantém as costas mais retas, e os pés chegam com mais facilidade no asfalto quando você para. No começo faz bastante diferença, especialmente se você não é muito alto ou fica nervoso em semáforo.
Vale a pena dar uma olhada também na Honda CB125R ou até na CB250R - essas vão aguentar melhor se você planeja rodar além da cidade. Ou a Suzuki GSX-R125, se você quer um esportiva como a R3, mas um pouco mais barata. Resumindo, vai lá no concessionário e senta nas duas - isso te diz muito mais do que qualquer dica na internet.