Sua contadora está certa, e aqui está o motivo: isso importa muito mais do que apenas "estar organizada". Quando você mistura transações pessoais e comerciais, está criando um caos para si mesma na hora de fazer os impostos. Você terá que manualmente separar meses de cafezinhos, transferências pessoais e renda comercial real para descobrir o que é dedutível. Se você for auditada, essa conta desorganizada faz você parecer uma bandeira vermelha - sugere que você não está levando o negócio a sério, o que pode atrair mais escrutínio. Você está fazendo isso há 3 anos; nesse ponto você não está mais em território de startup, é uma freelancer estabelecida.
A questão das taxas é uma preocupação real, mas vê quanto você está realmente pagando. Muitos bancos têm contas comerciais com taxas mensais mínimas ou até nenhuma taxa se você manter um saldo modesto ou configurar depósitos diretos. Alguns cobram 10-15 dólares/mês, o que é genuinamente barato comparado ao incômodo de misturar tudo. Você provavelmente também vai economizar dinheiro na preparação de impostos - a maioria dos contadores cobra menos para trabalhar com clientes que têm contas separadas porque leva metade do tempo para fazer sua declaração.
Além de impostos, há também a questão da responsabilidade. Se algo der errado com um contrato de cliente ou uma disputa, ter as finanças claramente separadas torna muito mais fácil se defender. Não é glamoroso, mas é uma daquelas coisas que leva uma hora para configurar e economiza dezenas de horas e possível estresse depois. É só abrir uma.