Excel fica ultrapassado rápido quando você tem mais de um punhado de clientes, especialmente quando está atrás de pagamentos atrasados. A maioria dos freelancers que conheço abandonou planilhas anos atrás porque o tempo que você gasta com administração simplesmente tira do trabalho de verdade. Você precisa de algo que lidere com faturas recorrentes automaticamente, envie lembretes de pagamento sem você mexer um dedo, e mostre num relance quem deve o quê.
Os grandes nomes para os quais a maioria das pessoas tende são Wave, FreshBooks e Zoho Invoice. O plano gratuito do Wave é bem sólido se você está começando - lida com faturamento, rastreamento de pagamentos e coisas básicas de despesas. FreshBooks custa um pouco mais mas tem automação melhor para lembretes e se integra basicamente com todo banco e processador de pagamentos que você usaria. Zoho fica em algum lugar no meio em termos de preço e funciona bem se você já usa outras ferramentas Zoho. Todos eles fazem integração bancária então você consegue ver os pagamentos caindo na sua conta automaticamente sem verificar manualmente.
O que importa mais é se se encaixa em como você realmente trabalha. Se você tem clientes recorrentes pagando mensalmente, você quer algo que consiga fazer templates daquelas faturas e disparar elas conforme o cronograma. Garanta que se conecta ao seu banco específico - a maioria conecta agora, mas vale confirmar. Também verifique se lida com a moeda ou métodos de pagamento que seus clientes usam. Os testes gratuitos deixam você explorar por uma semana ou duas, então faça um test drive de alguns antes de se comprometer. Gastar uma tarde configurando um direito economiza horas todo mês.