Três anos não é tanto tempo para um ventilador de teto começar a falhar só pelo envelhecimento, então quase com certeza há algo mais que poeira por trás daquele ruído agudo. O barulho estridente típico vem dos rolamentos que estão secando, e embora a poeira acumulada definitivamente não ajude, limpar só as pás muitas vezes não resolve o problema real.
Aqui está o que outros poderiam não mencionar: se o ruído agudo vem do motor (e não de atrito entre as pás e a estrutura), limpar as pás externamente não vai fazer nada. O que você precisa é lubrificar os rolamentos internos, e isso sim requer descer o ventilador. A maioria dos modelos tem um ponto de acesso (geralmente é uma pequena tampa ou furo no centro do motor), mas alguns são selados de fábrica e aí não há solução elegante. Outro risco: se você tentar limpar a fundo sem descer o ventilador, a poeira cai direto em você e além disso pode entrar mais para dentro do motor se não tiver cuidado.
Minha recomendação é que você o desça. A instalação inversa é rápida se você fez bem da primeira vez, leva uns vinte minutos. Uma vez descer, você esvazia a poeira, verifica se os parafusos das pás estão apertados (muitas vezes afrouxam e geram vibrações), e se ainda fizer barulho, aplica um pouco de óleo leve nos rolamentos. Se continuar estridente depois disso, então provavelmente precisa de rolamentos novos, mas pelo menos você terá descartado o mais provável.