Sim, infelizmente você precisa pedir permissão, não pode instalar por conta própria. Em condomínio, qualquer modificação nas partes comuns (e a tubulação de saída é, mesmo que o fogão esteja no seu apartamento) ou que afete a estrutura requer autorização da assembleia condominial ou pelo menos do administrador, dependendo do que diz o regulamento. Se instalar sem permissão, você corre o risco de multa e de ser obrigada a remover, principalmente se os vizinhos reclamarem.
O primeiro passo é verificar o regulamento condominial: veja se proíbe explicitamente as estufas a pellet ou se fala sobre saídas de ar em geral. Depois converse com o administrador e explique o problema do aquecimento insuficiente, assim ele entende que não é uma escolha egoísta, mas uma necessidade. Tenha em mente que você vai precisar de uma tubulação dedicada que saia pela parede (não pode usar a da caldeira), e esse é o ponto que frequentemente cria atrito: os vizinhos podem reclamar por razões estéticas ou de emissões. Idealmente, reúna os orçamentos de instalação e apresente-os durante a assembleia condominial com uma proposta clara sobre o modo de saída.
Se o condomínio disser que não, o fato é que em certos casos a jurisprudência reconheceu o direito de instalar estufas a pellet como fonte de aquecimento suplementar, mas você precisa estar preparada para uma batalha legal e mesmo assim depende muito de como está escrito o regulamento. Vale a pena investir tempo em obter o consentimento formal em vez de ter que remover depois.