Como é perto da claraboia, quase com certeza é um problema de humidade e condensação - o acústico é super sensível a isso, principalmente se o espaço não está bem ventilado. Antes de repintar qualquer coisa, tens mesmo de resolver esse assunto de humidade senão vai ecaiar novamente em alguns meses. Para os retoques, tecnicamente consegues só repintar as zonas que se estão a escaiar, mas é complicado fazer isso bem porque o acústico é frágil e o resultado pode não combinar perfeitamente com o que já lá está. Se o ecaiar se mantém limitado a essa zona, podes tentar repintar localmente quando tiveres mesmo melhorado a ventilação, senão vais ter de aceitar um patchwork ou repensar completamente o teto.