La confusión es normal porque el 'se' y el 'si' funcionan en contextos diferentes. El 'se' es pronombre reflexivo o recíproco, es lo que usas cuando la acción vuelve hacia quien la realiza. Por ejemplo "él se lastimó" (él se lastimó a sí mismo), "ella se peinó" (ella se peinó a sí misma), "ellos se besaron" (uno besó al otro). Aquí el 'se' es siempre la forma átona, es decir, va junto al verbo sin preposición.
El 'si' es pronombre tónico que aparece después de preposición. Entonces es "él habló para sí" (para sí mismo), "ella se compró esto para sí", "él se encerró en sí mismo". La gran diferencia: 'se' va sin preposición y pegado al verbo; 'si' va siempre con preposición (para, de, en, con, por, etc.). Nunca dices "él para se lastimó" - eso queda raro. Es "él se lastimó" o "él habló para sí mismo" si quieres ser claro.
Un consejo: si hay preposición, es 'si'. Si no hay preposición y el verbo es reflexivo, es 'se'. A propósito, cuando tienes dudas de verdad, piensa en "para sí mismo" o "a sí mismo" - el 'si' nunca aparece sin esa ayuda de preposición o de la palabra "mismo". El 'se' es la forma rápida, la que va antes del verbo o justo después, según la estructura de la frase.