La muffa sui pomodori è sempre un problema di umidità, quindi il frigorifero può essere il posto peggiore per conservarli, soprattutto se è già umido. Ho avuto un'esperienza simile: metto i pomodori maturi in frigorifero e dopo un paio di giorni sono già ricoperti di muffa. Poi ho capito che era proprio la condensa che si accumula in uno spazio chiuso.
Diventano molli di solito perché o erano troppo maturi da subito, oppure li hanno davvero lavati prima della conservazione (l'acqua penetra attraverso la buccia e i pomodori iniziano a marcire dentro). Ho iniziato a conservare i pomodori maturi a temperatura ambiente in una ciotola aperta in cucina, lontano dalla luce diretta - così durano molto più a lungo. Se i pomodori sono ancora un po' acerbi, si possono mettere in un luogo buio e asciutto (un mobile, una dispensa). Ma se sono già troppo maturi e devo mangiarli subito - allora sì, il frigorifero, ma solo in un contenitore separato o in un sacchetto di plastica con fori per la ventilazione, così non c'è contatto diretto con l'umidità degli altri prodotti.
La regola principale che davvero funziona: non lavarli prima della conservazione (solo prima di mangiarli), non ammassarli in contenitori chiusi e tenerli in modo che l'aria circoli intorno. Se i pomodori si toccano l'un l'altro marciscono più velocemente, quindi è meglio disporli in un unico strato.