O principal é observar a formulação da vaga. Se lá está escrito "exige-se trabalho presencial em Moscou" ou "presença obrigatória", não adianta esconder e é contraproducente. Mas se não mencionam nada específico sobre o local ou há possibilidade de trabalho remoto, é só escrever no currículo "remoto, residência em São Petersburgo" e não fazer alarde disso. A honestidade funciona a seu favor aqui, porque a empresa já fica sabendo - ou isso a agrada, ou não agrada.
Agora, se você fica em silêncio, passa por algumas entrevistas e aí confessa, cria a impressão de que estava escondendo informação. Mesmo que as razões fossem lógicas, isso pode gerar desconfiança - tipo, se você já escondeu uma coisa, o que mais vai esconder? É mais fácil ser honesto de cara e se descartar das empresas que não topam isso, do que depois ter que explicar.
Dica: adiciona uma linha no currículo tipo "disponível para deslocamentos" ou "possibilidade de interação presencial durante o período de adaptação" - isso mostra flexibilidade e pode tranquilizar o empregador que fica um pouco preocupado com a distância. Aí mesmo que a pessoa esteja em São Petersburgo, não parece um obstáculo, mas sim uma opção com solução.