Seu chefe pode fazer isso, basicamente sim! Infelizmente não é tão simples legalmente quanto "trabalhei assim por dois anos, então agora é meu direito". A permissão de trabalhar de casa foi uma concessão voluntária do empregador, não uma garantia contratual para sempre - se não estiver explicitamente no contrato de trabalho ou num acordo coletivo da empresa, não vale. Mas isso não significa que você esteja totalmente desamparada!
O que você deveria fazer agora: Vê seu contrato de trabalho e pergunta se existe um acordo coletivo sobre home office. Se existir, as coisas podem ser diferentes. Caso contrário, você pode conversar com seu chefe ou com o departamento de pessoal - de forma objetiva, não agressiva. Expliquem a situação de vocês (trajeto longo, mudança na situação de moradia) e perguntem se é possível chegar a uma solução. Muitos chefes ficam mais abertos quando você pergunta de forma amigável, em vez de simplesmente aceitar um não. Talvez vocês se entendam em dois dias por semana em vez de três, ou em dias mais flexíveis.
Se nada funcionar e vocês precisam se deslocar por muito tempo, o sindicato ou a comissão de trabalhadores da empresa poderiam ajudar - mas sem uma base contratual, seu espaço de manobra é infelizmente limitado. Desculpa, mas essa é a realidade legal!