A situação que você descreve é bastante arriscada e não está bem coberta legalmente. Se seu contrato diz "presencial" mas você está trabalhando remoto, há uma discrepância entre o que o papel diz e a realidade, e isso o deixa vulnerável. Se algo der errado depois - um acidente de trabalho na sua casa, uma demissão, um conflito sobre horários ou responsabilidades - a empresa pode usar esse contrato antigo a seu favor e você fica sem documentação que respalda como realmente está trabalhando.
O que você deveria fazer é pedir por escrito (email, mensagem, o que for mas que fique registro) que atualizem seu contrato para refletir o trabalho remoto. Não é capricho seu, é proteção mútua. Especifique os termos: se é 100% remoto ou híbrido, qual é o horário, onde você guarda documentos da empresa, como é tratada a confidencialidade na sua casa, tudo isso. Se a empresa se recusa ou deixa passar, pelo menos você tem esse email onde pediu formalizar as coisas - isso o protege.
Alguns dizem que já passaram por isso e terminaram mal, e é porque deixaram que o tempo passasse sem documento. Não espere, não deixe que se "acostumem" a você trabalhar remoto sem atualizar nada. Quanto mais tempo passar assim, mais complicado fica depois argumentar qual foi o arranjo real. Mexa-se agora enquanto tudo está funcionando bem, é muito mais fácil do que negociar quando já há um problema.