A questão é um pouco mais nuançada do que parece. Não é que a empresa possa simplesmente ignorar seu pedido: você tem o direito de pedir acordos de trabalho flexível, especialmente se já fazia isso antes da pausa. O que acontece é que eles não são obrigados a conceder por lei, mas seu pedido é legítimo e deveriam ao menos avaliá-lo seriamente. Se recusarem secamente sem discussão, você pode pedir por escrito quais sejam os motivos concretos - e aqui está o ponto que os outros correm o risco de não destacar o suficiente: documente tudo por email.
O que muitos não dizem é que a recusa pode ser pretexto se por trás houver a ideia de "punir" sua licença. Se após o retorno impõem uma rigidez que não havia antes, especialmente sem motivações técnicas sólidas, pode se configurar como discriminação relacionada à maternidade/paternidade, e aí a situação muda radicalmente. Não é que você ganhe a causa automaticamente, mas é um elemento que protege sua posição.
Enquanto isso, você pode fazer um contramovimento pragmático: proponha uma solução intermediária com dados concretos. Talvez "testo 2 dias remotamente por um mês e vemos como fica com os projetos" é mais difícil de recusar do que um pedido vago. Se eles permanecerem fechados e não derem razões sérias, aí vale a pena se aconselhar com alguém que entenda de contratos de trabalho (um escritório de advocacia trabalhista, sindicato se você for filiado). Não é uma guerra, mas é importante não se deixar pisotear.