Cuando empecé a hacer ejercicio regularmente cometí el mismo error: pensaba que más días = mejor forma, pero terminé con las mismas molestias que describís. Lo que pasa es que el cuerpo se adapta durante el descanso, no durante el entrenamiento, así que tres meses sin pausas reales es una receta para el agotamiento.
Lo que te falta no es más volumen sino recuperación estratégica. Podés mantener actividad ligera en los días de descanso (caminar, estirar) para no sentir que parás completamente, pero necesitás al menos uno o dos días sin correr por semana, más otros en los que hagas sesiones cortas y tranquilas en lugar de exigente. Tu rendimiento va a mejorar en una o dos semanas una vez que descanses de verdad, porque ahora mismo estás acumulando fatiga, no progresando.