La confusione è normale perché 'se' e 'si' funzionano in contesti diversi. 'Se' è pronome riflessivo o reciproco - è quello che usi quando l'azione torna a chi la compie. Tipo "lui si è fatto male" (lui ha fatto male a se stesso), "lei si è pettinata" (lei ha pettinato se stessa), "loro si sono baciati" (uno ha baciato l'altro). Qui 'se' è sempre la forma atona, cioè sta attaccato al verbo senza preposizione.
Invece 'si' è pronome tonico che appare dopo preposizione. Quindi è "lui ha parlato a se stesso" (a se stesso), "lei ha comprato questo per sé", "lui si è rinchiuso in se stesso". La grande differenza: 'se' viene senza preposizione e attaccato al verbo; 'si' viene sempre con preposizione (a, di, in, con, per, ecc.). Non dici mai "lui a se si è fatto male" - suona strano. È "lui si è fatto male" oppure "lui ha parlato a se stesso" se vuoi essere chiaro.
Un consiglio: se c'è preposizione, è 'si'. Se non c'è preposizione e il verbo è riflessivo, è 'se'. Anzi, quando hai davvero dubbi, pensa a "a se stesso" o "per sé" - 'si' non appare mai senza quell'aiuto di preposizione o della parola "stesso". 'Se' è la forma veloce, quella che metti prima del verbo o subito dopo, a seconda della struttura della frase.