O erro mais comum é fazer alongamento intenso logo após um treino pesado, quando os músculos já estão com microlesões e inflamados. Isso pode aumentar a dor e o inchaço. É melhor deixar o alongamento para depois: ou no final do treino como um alongamento leve e estático (sem movimentos bruscos), ou no dia seguinte, quando a inflamação aguda diminuir. Não confunda alongamento com recuperação - são coisas diferentes.
Pela minha experiência pessoal, depois de treinos intensos nas pernas, o principal é sono, alimentação adequada com proteína suficiente e, é claro, tempo. A dor muscular no segundo ou terceiro dia (aquele desconforto pós-treino) é um processo natural de adaptação, e nenhum alongamento vai eliminá-la completamente. Mas o que realmente me ajuda é fazer uma atividade leve no dia seguinte (uma caminhada, cardio leve) e um alongamento de qualidade para panturrilhas, coxas e músculos adutores após o aquecimento. Calor também funciona - sauna ou um banho quente.
Se queres minimizar a dor no futuro, foca no aumento gradual da intensidade, não no alongamento. Seus músculos se adaptam mais rápido do que parece, e em alguns meses os mesmos treinos se recuperarão muito mais facilmente. Faça alongamento pela flexibilidade e saúde das articulações, não como uma panaceia contra a dor.