Empresa pode descontar vale refeição se eu sair no meio do expediente?

Você saiu de madrugada ou só algumas horas mais cedo? Porque se foi só sair antes de acabar o turno normalmente, a empresa não pode descontar não - vale refeição é direito seu pelo dia trabalhado, independente de quando você foi embora.

Depende muito de como sua empresa regulamenta isso, porque a legislação não é tão clara quanto pareça. Vale refeição é considerado benefício, mas tem empresas que incluem regras na convenção coletiva ou no contrato dizendo que desconta proporcionalmente se você não cumpriu o horário inteiro - e infelizmente isso costuma ser válido juridicamente. O ideal é conferir seu contrato e, se tiver dúvida, consultar o sindicato da sua categoria ou até um advogado trabalhista, porque cada caso é um.